Plantas Criptógamas

Las relaciones entre las tres líneas de briófitos, no está resuelta, sigue siendo una de las grandes incógnitas de la biología evolutiva.
Es muy importante resolver esta cuestión por la posición basal de briófitos en el árbol de embriófitos, lo que permitirá entender la evolución morfológica y genética de las plantas terrestres.

Los briófitos se consideran un GRADO de tres líneas monofiléticas.
Hay varias hipótesis, apoyadas por distintos análisis filogenéticos recientes, sobre las relaciones de estas tres líneas entre sí y con el resto de embriófitos

Que las hepáticas sean el grupo hermano basal al resto de embriófitos.
Que los antocerotas sean el grupo hermano basal al resto de embriófitos.
Que el clado musgos hepáticas sea el grupo hermano basal al resto de embriófitos, y antocerotas el grupo hermano de traqueófitos (plantas vasculares).
Que las tres líneas de briófitos constituyan un grupo monofilético hermano al resto de embriófitos (traqueófitos o plantas vasculares) (apoyado por un análisis hecho con genomas cloroplásticos completos pero con pocos táxones, y por tanto poco probable).

Tradicionalmente antocerotas, hepáticas y musgos se incluyen en una única división Bryophyta con el rango de clase: Anthocerotopsida, Marchantiopsida y Bryopsida.

Sin embargo, las propuestas más recientes sugieren que ante las evidencias de que los tres linajes no constituyen un grupo monofilético es preferible que cada uno de ellos sea tratado a nivel de división: Anthocerophyta, Marchantiophyta y Bryophyta.

Situación de briófitos en el árbol filogenético de embriófitos. Extraído de Palmer et al. (2004).
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Una de las clasificaciones de plantas más recientes y aceptadas por la comunidad científica es la Chase & Reveal (2009), que es compatible y acompaña a la clasificación de Angiospermas (plantas con flores) APG III (APG, 2009). En dicha clasificación todas las plantas terrestres constituyen la clase Equisetopsida, por lo que los tres linajes de briófitos tienen el rango de subclase: Anthocerotidae, Bryidae y Marchantiidae.